Солдаты, прошедшие после опыта службы в Зоне специальную подготовку, или сталкеры, подписавшие контракт с армией. Обычно снабжаются большим количеством вспомогательной аппаратуры и хорошо вооружены. В основном используются для изучения причин и последствий катастрофы, а также занимаются картографированием Зоны. Могут ходить как поодиночке, так и группами до пяти человек. Обычных сталкеров к себе не подпускают — сразу же открывают огонь.

Они охраняют Зону от проникновения неучтённых лиц. Любой человек, незаконно проникнувший в Зону экологического бедствия должен быть арестован или убит. Имеют право стрелять без предупреждения, поэтому военные блокпосты лучше обходить десятой дорогой, так как к сталкерам, как правило, относятся агрессивно, ибо все неофициальные лица в Зоне формально являются «местной фауной» и подлежат уничтожению. Неофициальная реальность такова, что военных можно подкупить, если они не проводят спецоперацию и рядом нет начальства. Помогают ученым, официально работающим в Зоне, имеют нормальные отношения с «Долгом», хотя иногда и конфликтуют.

В ЗП отношение военных к другим кардинально отличается от предыдущих частей игры: они нейтральны к сталкерам, Долгу и Свободе, а ближе к концу игры становятся дружественными по отношению к ГГ.

Одеты в надёжные армейские бронежилеты. Вооружены практически всеми образцами отечественного оружия, которое нередко могут списать и переправить за деньги или артефакты в Зону, также у торговцев изредка можно за большую сумму купить отличные комплекты армейской брони. Кадровые офицеры, а также состоящие из солдат и сержантов военные патрули вооружены АКМ-74/2У, реже АКМ-74/2 и носят стандартные армейские бронежилеты, пробиваемые автоматной пулей на средней дистанции. Спецподразделения военных экипированы согласно специфике задания: отряды зачистки носят усиленный бронежилет «Берилл-5М» и вооружены АС-96/2, отряды для глубокого рейда в Зоне носят тяжёлые бронекостюмы «Булат» и вооружены автоматами «Гром-С14» или СА «ЛАВИНА». Для обороны важных объектов нередко используют РП-74.

Регулярная армия — солдаты внутренних войск, охраняющие границы запретной территории, встречаются на Кордоне, «Агропроме» и Свалке. Замечены в получении взяток от сталкеров за проход в Зону. На блокпостах командуют офицеры из регулярных частей армии Украины. Одеты в обычные военные бронекостюмы, банданы и балаклавы вместо шлемов. Вооружены укороченными автоматами АКМ-74/2У (на важных объектах АКМ-74/2) и пистолетами ПМм и Фора-12. В ЧН их вооружение и снаряжение поменялось на АС-96/2 и АКМ-74/2, и они одеты в бронекостюмы Берилл-5М (это сделало их похожими на спецназ из ТЧ, которого в ЧН нет). Для защиты блокпостов на границе Зоны используют стационарные РП-74. Чаще всего имеют звания от рядового до сержанта.
Спецназ участвует в зачистках крупных сталкерских лагерей и захвате важных объектов. Присутствует в S.T.A.L.K.E.R.: Тень Чернобыля. Вытесняет сталкеров с фабрики около «Агропрома» и высаживается на территории Тёмной долины, после чего получает контроль над большей частью локации. Доставляется и эвакуируется вертолётами, работает на окраинных участках Зоны. Одеты в бронекостюмы Берилл-5М, иногда носят кевларовые тактические шлемы, но чаще всего - «Сферу-08». Вооружены, как правило, автоматами АС-96/2 «Обокан» (нередко с установленным оптическим прицелом) и пистолетами Фора-12Мк2. В ЗП встречаются и упоминаются три снайпера (один вооружён СВУмк-2, два — СВДм-2). Также в ЧН был один снайпер, вооружённый СВДм-2. В ЗП некоторые спецназовцы носят бронекостюм «Булат» и вооружены такими видами оружия, как СА «ЛАВИНА», «Винтарь-ВС», «Гром-С14». Большая часть военных в ЗП — спецназ. Большинство спецназовцев - лейтенанты по званию.
Военные сталкеры — Также называемые Военсталы - элитные отряды военных, превосходно вооружены, оснащены и обучены. Одеты в бронекостюмы «Булат» со шлемами «Сфера-12» и «Сфера-12М» (только в Тени Чернобыля). Вооружение варьируется от АС-96/2 до Гром-С14 и СА «ЛАВИНА». Могут носить в качестве запасного оружия натовские пистолеты, например: Волкер-П9м или УДП «Компакт». В ТЧ на ЧАЭС мы также видим снайперов, вооружённых СВУмк-2. Снабжаются большим количеством вспомогательной аппаратуры. Военные сталкеры задействуются в основном при зачистке территорий от больших скоплений хорошо вооружённого противника. Они хорошо знают Зону и лучше остальных военных в ней ориентируются. В основном используются для изучения причин и последствий катастрофы, а также занимаются картографированием Зоны. Забрасываются в дальние участки Зоны, могут ходить как поодиночке, так и группами. Военные сталкеры своенравны и частенько отходят от плана операций, тем не менее, выполняют поставленные задачи командования. Хоть и встречаются в Припяти, на ЧАЭС и в Лиманске, нельзя выделить какие-либо локации, так как военных сталкеров специально засылают в Зону на определённое время и для конкретной задачи. На место операции обычно доставляются на вертолётах Ми-24. Основная часть военных сталкеров - капитаны. Подчиняются командованию военных.
Пилоты — управляют вертолётами в ТЧ и ЧН (КПК ГГ перехватывает разговоры), а в ЗП одного можно увидеть «в живую» - лейтенанта Соколова, который находится в бункере учёных в окрестностях Юпитера, куда его привёл сталкер Гарик.